Индексы из писем Минрегиона применяем для определения текущей стоимости смет, выполненных в базовых ценах, где начисление НР идет по нормативам МДС 81-33.2004 табл.4 (примечания к табл. тоже читайте),а СП по нормативам МДС81-25.2001 + письмо № АП-5536/06 (примечания читайте).
В разных сметных программах мб по-разному идет назначение НР и СП для сметы.
Например, программе А0 для смет в ценах 2000г сразу назначаем НР и СП нормативные (без 0,94). Получаем сумму СМР в базовых ценах и ее спокойно индексируем общим индексом к СМР из письма Минрегиона. В этом индексе уже будет учтено уменьшение НР на 0,94.
А если делаем смету, которая будет индексирована поэлементно (ОЗП, МАТ, ЭММ) не индексами Минрегиона, тогда назначаем таблицы, где сразу программно идет умножение НР на 0,94 , т.с. подчсет идет без нашего вмешательства или проставления где-то *0,94 и в концевике видим уже сумму НР посчитанную с учетом 0,94
В других сметных программах это действие может быть реализовано по-другому (по-разному даже).
И разберитесь откуда берется этот к-т 0,94.
Читайте хорошие книжки! Не ждите здесь учебы..

spb,, так какие все-таки цены любят москвичи, по-вашему, прогнозные или текущие?

Для расчётов за выполненные работы - исключительно текущие цены, в пределах твёрдой договорной цены. Для определения лимита твёрдой договорной цены - опять же исключительно текущие, плюс московский дефлятор с учётом прогнозного срока строительства.