если спорных моментов с Заказчиком нет, то проще всего сделать так:
1. допа не надо, а переподписать новый протокол задним числом, уничтожив у себя и у заказчика старый;
2. переделать под него КС-2 тоже задним числом, переподписать и уничтожить старые;
3. при этом КС-3 останется без изменений (сумма же не изменилась), т.е. бухгалтерские проводки это не нарушает

Добавлено (26.02.2010, 12:33)
---------------------------------------------
А если по-правильному, то нужен доп.отменяющий прежний протокол:
"1. Внести изменение и принять Раздел 3 «ЦЕНА ДОГОВОРА И ПОРЯДОК РАСЧЕТОВ» п. 3.1. Договора в следующей редакции: «Стоимость работ, поручаемых Подрядчику по настоящему договору, определена Сторонами в Локальной смете (Приложение № 1 к настоящему Дополнительному соглашению), и составляет 5 524 799,19 (Пять миллионов пятьсот двадцать четыре тысячи семьсот девяносто девять рублей 19 копеек), включая сумму НДС18% - 842 765,98».
2. С даты подписания настоящего Дополнительного соглашения и Локальной сметы (Приложение № 1 к настоящему Дополнительному соглашению), Локальная смета к Договору № 21009066С3/5-2009 от «10» июля 2009г., считается аннулированной.
3. Настоящее Дополнительное соглашение является неотъемлемой частью Договора подряда № 21009066С3/5-2009 от «10» июля 2009г.
4. Во всем, что не урегулировано настоящим Дополнительным соглашением, Стороны руководствуются Договором подряда № 21009066С3/5-2009 от «10» июля 2009г. и действующим законодательством РФ.
5. Настоящее Дополнительное соглашение составлено в двух экземплярах, по одному для каждой из Сторон, имеющих равную юридическую силу.
Приложения:
1. Локальная смета № .."(с)
Только КС-2 всеравно надо переделать задним числом и заменить у бухгалетра